会社設立のデメリットとして、法人税がかかることが挙げられます。たとえ会社が赤字だったとしても、「法人住民税の均等割り」という税金が課せられます。この均等割りの額は大体７万円です。１年間に必ず７万円の出費があるということも計算に入れておかなければなりません。さらに、利益が少ない場合、会社の方が個人事業よりも税金が高くなってしまいます。
個人事業の場合は、事業を開始するにあたって税務署等に開業届等を提出するだけで、いつでも始められます。費用もほとんどかかりません。しかし、会社設立の場合は、会社設立の手続きのために管轄法務局や指定公証人役場、市区町村役場等に足を運ばなければならず、時間が取られてしまいます。また、手続きのための費用もかかります。会社設立の手続きをすべて自分で行なった場合、定款の認証代、定款に貼付する収入印紙代、登録免許税、会社印鑑類の作成等を含めて、30万円ほどの費用が必要です。
会社設立した法人の場合、個人事業に比べて毎日の経理処理が複雑になりますので、経理の知識がないと毎日の経理処理はかなり手間がかかるものになります。さらに、毎期ごとの決算申告に関しても、個人の確定申告と違って法人の決算は手続きがとても複雑で、作成する書類も山ほどあります。ですから会社設立後に、税理士と顧問契約を結ぶことが多く、税理士に支払う報酬も計算に入れておかなければなりません。